El área de investigación esta centra en dos áreas interconectadas:

• El seguimiento de la distribución, el transporte y el destino de los contaminantes emergentes en todos los aspectos de la vida.
• La evaluación de sus implicaciones para la salud humana, animal y ambiental. El objetivo de investigación actual del laboratorio es investigar los genes de resistencia a los antibióticos en diferentes componentes ambientales de México.

• Ecología de ecosistemas: Nuestro grupo estudia el intercambio de gases en ecosistemas acuáticos (e.g., lagos y ríos), terrestres (e.g., bosques) y mixtos (e.g., manglares y turberas). Esta línea de investigación está directamente relacionada con el cambio climático y los gases de efecto invernadero. Nos hemos especializado en desarrollar y aplicar métodos de alta resolución para medir los intercambios de metano y dióxido de carbono en una gran diversidad de sistemas naturales o artificiales.
• Bioprocesos: Nuestro grupo se enfoca en el estudio de bioprocesos, principalmente en contextos ambientales, con un enfoque en la caracterización cinética y estequiométrica. Actualmente trabajamos en la caracterización de cultivos microbianos aerobios mediante el desarrollo de métodos de respirometría en microreactores, técnica que denominamos microrespirometría.

• Biotecnología de Alimentos.
• Propiedades físicas de biopolímeros en matrices complejas.
• Extracción, caracterización e incorporación de biopolímeros (proteínas y polisacáridos provenientes de microorganismos, pulpas y semillas) a sistemas alimentarios. Caracterización y modelación matemática de estudios reológicos, tensión superficial, actividad de agua y propiedades térmicas (transición vítrea, entalpía, capacidad calorífica y termogramas; difusividad y efusividad térmica).
• Viscoelasticidad, relajación y memoria de fluidos. Caracterización y desarrollo de biomateriales poliméricos con macromoléculas autoensambladas (nanopartículas funcionales y fluidos estructurados).

• Comunicación intercelular en plantas a través del transporte a larga distancia de RNAs y proteínas.
• Análisis de la respuesta de plantas a estrés abiótico y a patógenos a nivel transcriptómico.
• Estudio del transporte sistémico de virus en plantas.
• Diagnóstico de virus de importancia en plantas y en animales.
• Desarrollo de estrategias para protección de plantas contra patógenos de importancia.
• Estudio de los microbiomas asociados a plantas y hongos en ecosistemas naturales.