En 1992 un grupo de investigadores del Departamento de Ingeniería Eléctrica del Cinvestav identifico a la Mecatrónica como un área de oportunidad y un nuevo campo de investigación que debería recibir atención del Centro y a nivel nacional. Su objetivo fue establecer un posgrado con un enfoque multitecnológico con el cual el alumno sea capaz de llevar a cabo integración dinámica de sistemas mecánicos, electrónicos, de computación y control. La idea fundamental de la sección de Mecatrónica es orientar las habilidades de los aspirantes a un campo en el que se utilicen de manera integral tecnologías y técnicas de la mecánica, el control, la electrónica y el procesamiento de la información; además, de establecer áreas de investigación multidisciplinarias para favorecer la interacción científica de los grupos de investigación del Departamento de Ingeniería Eléctrica.
En 1993, la Sección de Mecatrónica arranca como programa académico, en materia de investigación con un profesorado proveniente de diferentes áreas. En 1999, registró oficialmente el título de Maestro en Ciencias en Ingeniería Eléctrica con Opción en Mecatrónica.
La Sección de Mecatrónica es un grupo líder en la enseñanza y la investigación, centrado en desarrollar y consolidar ésta disciplina en México, como una necesidad fundamental de la ingeniería para apoyar al aparato productivo nacional y al de servicios, a través de un sólido programa académico de investigación, formación de recursos humanos de posgrado, vinculación con el sector social e industria y fomentar una la intensa colaboración con Universidades e Institutos Tecnológicos nacionales e internacionales.