• Estudio de los factores de virulencia de T. gondii.
• Modelado de las interacciones hospedero-T. gondii mediante sistemas 3D.
• Infección oral de T. gondii y sus mecanismos de diseminación.

Estudio de la fisiología, inmunología, desarrollo y biología molecular de los mosquitos Aedes spp. que transmiten enfermedades virales como el Dengue, para diseñar métodos de control de la transmisión y reproducción.
Se investiga el metabolismo de la producción de colorante y la biología reproductiva de la grana cochinilla.  
Se busca desarrollar nuevos métodos de tratamiento y control del Plasmodium spp, causante de la malaria, enfermedad que, a pesar de estar controlada en México, a causa de varios factores como el cambio climático, el aumento de parásitos resistentes a drogas y de mosquitos a los insecticidas, crean condiciones para su reemergencia. 

Inmunopatología de la esclerosis múltiple, en donde colabora con el Instituto Nacional de Neurología y Neurocirugía, la Fundación Japonesa para la Investigación en Cáncer y la Universidad de Tokio. 
Desarrollo de modelos tridimensionales humanos para el estudio de enfermedades infecciosas intestinales, en colaboración con el Centro Médico Nacional Siglo XXI y el Instituto Max Planck para la Biología Infecciosa.

Biología molecular de los factores de virulencia de Entamoeba histolytica.
Biología molecular y genética de la multirresistencia a fármacos en E. histolytica.
Organización del genoma amibiano.

Proteinasas en la virulencia de T. vaginalis.
Proteínas multifuncionales (PFO y TIM) en la virulencia de T. vaginalis.
Fenómenos de transducción de señales en la adhesión de T. vaginalis a la célula blanco.
Influencia de hierro, glucosa y zinc en la expresión de factores de virulencia de T. vaginalis.
Mecanismo de autofagia en el tráfico vesicular no convencional de T. vaginalis.
Mecanismos postranscripcionales de regulación de la expresión génica por hierro en T. vaginalis, E. histolytica y G. duodenalis.