• Bionanoinoculantes y simbiosis planta-microorganismo.
• Biorremediación de hidrocarburos y remoción de contaminantes.
• Bionanotecnologías en el sector agrícola y ambiental.
• Emisión de gases efecto invernadero en el sector agrícola.
• Biocarbones a base de residuos urbanos y agroindustriales en la agricultura.

• Aumento de la diversidad genética de plantas de interés agrícola mediante el uso de edición de genes, epigenética y poliploidía.
• Diseño, producción y evaluación de antígenos vacunales para ganado.
• Identificación de patógenos emergentes y su diagnóstico molecular.

Relación metabolismo - ambiente, con especial énfasis en los mecanismos de resiliencia de los organismos de todos los niveles taxonómicos ante contaminantes. Estos pueden ser utilizados como bioindicadores o biomarcadores para monitoreo ambiental, así como para el desarrollo de tecnologías de remediación. A su vez, dentro de los cambios observados en humano pueden ser usados como biomarcadores de exposición, efecto, susceptibilidad ante tóxicos y para progreso de enfermedades derivadas. Todo ello desde el punto de vista bioquímica, molecular, genómico, proteómico y metabolómico. En la actualidad, trabajamos con contaminantes emergentes (antibióticos y otros fármacos, plaguicidas y plásticos, entre otros), los posibles mecanismos de degradación y de resistencia microbiana, así como los biomarcadores de exposición, efecto o susceptibilidad en humano.

El área de investigación esta centra en dos áreas interconectadas:

• El seguimiento de la distribución, el transporte y el destino de los contaminantes emergentes en todos los aspectos de la vida.
• La evaluación de sus implicaciones para la salud humana, animal y ambiental. El objetivo de investigación actual del laboratorio es investigar los genes de resistencia a los antibióticos en diferentes componentes ambientales de México.

• Ecología de ecosistemas: Nuestro grupo estudia el intercambio de gases en ecosistemas acuáticos (e.g., lagos y ríos), terrestres (e.g., bosques) y mixtos (e.g., manglares y turberas). Esta línea de investigación está directamente relacionada con el cambio climático y los gases de efecto invernadero. Nos hemos especializado en desarrollar y aplicar métodos de alta resolución para medir los intercambios de metano y dióxido de carbono en una gran diversidad de sistemas naturales o artificiales.
• Bioprocesos: Nuestro grupo se enfoca en el estudio de bioprocesos, principalmente en contextos ambientales, con un enfoque en la caracterización cinética y estequiométrica. Actualmente trabajamos en la caracterización de cultivos microbianos aerobios mediante el desarrollo de métodos de respirometría en microreactores, técnica que denominamos microrespirometría.