En 1972, Guillermo Massieu Helguera, entonces Director General del Cinvestav encomendó a Carlos Casas Campillo, la creación de un Departamento de Biotecnología. Para definir el campo de acción del futuro Departamento Carlos Casas Campillo consideró que la “Biotecnología era un campo del conocimiento dirigido hacia la producción de bienes y servicios mediante la utilización de sistemas biológicos o de sus productos”. La definición no era nueva, Karl Ereky un ingeniero húngaro en 1919, había definido el término biotecnología como “todos los métodos utilizados para convertir materia prima en bienes utilizando en alguna etapa organismos vivos o sus productos”. Sin embargo, el planteamiento inicial del Carlos Casas fue pionero en varios aspectos, el más importante, fue considerar desde el inicio que el futuro Departamento debía integrar diferentes aspectos de la Bioingeniería incluyendo conocimientos básicos y de la ingeniería. Este planteamiento multidisciplinar fue innovador, no solamente en México sino también en América Latina y dio nacimiento al primer grupo de investigación y docencia en Biotecnología y Bioingeniería del país. En un principio, los objetivos del Departamento fueron orientados hacia el desarrollo de tecnologías biotecnológicas de aprovechamiento de recursos agrícolas, también, se desarrollaron proyectos como la producción de proteínas unicelulares a partir de metanol o de celulosa, la extracción y concentración de proteínas vegetales de plantas, y la producción de esteroides. Durante este periodo, progresivamente se desarrollaron las primeras propuestas de biotecnología ambiental. Actualmente el Departamento de Biotecnología y Bioingeniería desarrolla tres líneas de investigación: Biotecnología Ambiental; Biología Molecular y Biocatálisis; y Bioprocesos y Bioproductos. En cada una participan entre siete y ocho investigadores líderes de grupo que trabajan en los temas principales de la Biotecnología y Bioingeniería modernas. Su trabajo científico comprende investigación básica (Biología Molecular, Genética...) y aplicada (desarrollo de vacunas y procesos de control de la contaminación, aprovechamiento de residuos, entre otros). La planta académica departamental, en su totalidad, tiene el grado de Doctor, es miembro del SNII, y cuentan con reconocimiento y experiencia internacional. El Departamento de Biotecnología y Bioingeniería tiene un índice de publicaciones superior al promedio nacional. Los estudiantes de posgrado del Departamento trabajan en un ambiente multidisciplinario, en su formación, se privilegia la investigación integrándolos de manera activa a distintos grupos científicos del Departamento.