Se ingresa al programa de Doctorado en Ciencias Químicas directamente de la licenciatura o la maestría. En ambos casos es requisito aprobar un examen de admisión en química orgánica, química inorgánica, matemáticas, fisicoquímica y comprensión de ingles. El Departamento, ofrece anualmente cursos propedéuticos (enero-abril) que sirven de preparación para estos exámenes. Los estudiantes admitidos podrán solicitar beca al Conacyt con la gestión del Cinvestav. Cuando el aspirante posea el grado de Maestro en Ciencias, el Colegio de Profesores analizará el caso y determinará las asignaturas en las que deberá presentar y aprobar el examen de admisión. Una vez admitido, una comisión especial de profesores determinará que asignaturas deberá cubrir.

• Química Biológica
• Química Inorgánica
• Fisicoquímica
• Química Orgánica
• Química Teórica

Las líneas de investigación que se trabajan en el Departamento abarcan algunos temas de vanguardia a nivel internacional y algunos de sus investigadores han recibido reconocimientos nacionales e internacionales por sus contribuciones. Para poder realizar este trabajo, el departamento cuenta con infraestructura experimental moderna que incluye equipos de espectroscopia de infrarrojo y UV/Visible, resonancia magnética nuclear, espectrometría  de masas y difracción de rayos X de monocristal, espectrómetro EPR, espectrómetro de dicroismo circular, sintetizador de péptidos, además de analizador elemental, equipos de electroquímica y calorímetros para el trabajo de investigación en electroquímica.

Preparar líderes en el área de la química para realizar: Docencia e investigación en instituciones de Educación Superior públicas y privadas Sectores: Químico, Farmacéutico, Medio Ambiente, Bioquímico, industrias de desarrollo tecnológico y de transformación.