Existen tres modalidades de ingreso al Programa de Doctorado:
- Maestros en Ciencias egresados del Cinvestav
- Maestros en Ciencias egresados de otros programas
- Predoctoral Directo al obtener la Maestría en el Departamento.
El Programa de Predoctoral directo está ampliamente descrito en el Reglamento de Estudios de Posgrado del Departamento, el cual se puede consultar en la página electrónica (www.biochem.cinvestav.mx). En todos los casos, la Junta de Profesores dictaminará sobre la admisión de los estudiantes al Programa de Doctorado, según lo establece el Reglamento de Estudios de Posgrado del Departamento.