El Cinvestav fue creado en 1961 por decreto presidencial, como un organismo público descentralizado con personalidad jurídica y patrimonio propios.

Su director fundador, el Dr. Arturo Rosenblueth, impulsó una exigencia académica que ha resultado en el éxito de la institución.

Se cuenta con veintiocho departamentos de investigación que se encuentran distribuidos por los nueve planteles a lo largo de la República Mexicana.